Hãng đã dần dần giảm được thua lỗ, và đã có lãi $220 triệu vào năm 2006, sang năm 2007, lãi thực của năm là $570 triệu. Tháng 3-2008, Biedermann bắt đầu chương trình cải tổ, và theo như ông nói " Đây là lúc để sắp xếp lại căn nhà của chúng tôi theo đúng trật tự của nó". Vào lúc này thì sự hỗ trợ từ bên ngoài là rất cần thiết và hẵng đã xem Lufthansa như một đối thủ cạnh tranh. Cho dù mạng lưới của Swiss lúc này nhỏ hơn, nhưng hẵng đã vận chuyển được số lượng hành khách bằng với năm 2002.

Ngày 22-03-2005, Lufthansa Group xác nhận kế hoạch mua lại Swiss, bắt đầu bằng việc góp vốn 11% vào việc thành lập một công ty nắm giữ cổ phần của Swiss với tên gọi Air Trust. Việc mua lại này được hoàn thành vào ngày 01-07-2007 và Swiss đã sáp nhập với Lufthansa từ năm 2005. Swiss tham gia liên minh Star Alliance vào ngày 01-04-2006 và hẵng cũng trở thành thành viên của chương trình khách hàng thường xuyên Miles&More của Lufthansa

Swiss cũng thành lập một công ty con với tên gọi Swiss European Air Lines. Hẵng này có giấy phép hoạt động độc lập. Swiss cũng sở hữu hai công ty độc lập khác là Swiss AviationTraining và Swiss WorldCargo.

Năm 2008 Swiss International Air Lines nắm giữ Edelweiss Air

Năm 2007, Swiss đã đặt hàng 9 máy bay Airbus A330-300 nhằm thay thế đội bay hiện tại gồm 9 máy bay Airbus A330-200. Dòng máy bay A333 thân thiện hơn với môi trường và có 3 hạng ghế ngồi. Chiếc đầu tiên được giao vào tháng 4-2009 và được dùng để khai thác tuyến Zurich - New York. Mùa xuân năm 2010, Swiss sử dụng máy bay A330-300 vào khai thác đường bay Geneva - New York cũng như một số đường bay từ Zurich đi Delhi, Mumbai, Dubai và Muscat. Tháng 04-2010, sẽ khai thác trên đường bay từ Zurich đi Nairobi, Dar es Salaam, Yaounde và Douala.